结构生物学
从问题到洞见，30 款在线科学工具。无需注册，免费计算与导出。
质粒图谱设计
从序列或注释文件生成环形图谱与酶切位点表。
FASTA/GenBank；内置常用限制酶并支持自定义识别序列。功能注释来自 GenBank，不自动推断启动子。
RNA 折叠与配对
计算最小自由能结构，并查看碱基配对概率。
ViennaRNA 最近邻热力学模型；最多 300 nt，不包含假结；MFE 结构不是唯一真实构象。
蛋白质结构与比对
查看结构、标注残基并执行 Cα 刚体叠合。
PDB/mmCIF 第一模型；比对按 Cα 顺序要求等长，不做序列比对。口袋为用户给定残基，不预测结合位点。
核酸组成与滑窗 GC
统计碱基组成并绘制局部 GC 含量。
仅接受 A/C/G/T，无模糊碱基；滑窗不循环跨越末端。
DNA 翻译与读码框
按指定正向读码框翻译标准遗传密码。
使用标准遗传密码表，不自动寻找 ORF；尾端不完整密码子省略。
反向互补与序列转换
生成 DNA 反向互补与对应 RNA 转录序列。
接受 A/C/G/T；仅进行确定性序列转换。
双序列全局比对
对两条短 DNA 序列进行全局仿射缺口比对。
每条最多 1000 bp；仅取首个最优比对；不是数据库检索。
蛋白质理化性质
计算氨基酸组成、分子量、理论等电点和疏水性均值。
标准 20 种氨基酸；未修饰线性链，不含辅基与翻译后修饰。
蛋白疏水性滑窗
绘制 Kyte–Doolittle 局部疏水性变化。
等权滑动窗口，不直接判定跨膜区或折叠结构。
寡核苷酸质量与摩尔量
计算未修饰单链 DNA 分子量及质量/摩尔量换算。
标准平均原子质量；Biopython 默认末端化学假设；修饰链不适用。
核苷酸组成计数
统计 A/C/G/T 的绝对数量。
标准 DNA 字母，最多 20000 nt。
GC 偏斜滑窗
计算 (G−C)/(G+C) 的局部变化。
未考虑统计显著性。
DNA 组成熵
用碱基频率计算单字母 Shannon 熵。
忽略位置相关性，不等于序列可压缩性。
DNA k-mer 计数
统计重叠短片段的出现次数。
k≤3，最多 64 类，不合并反向互补。
等长序列汉明距离
统计不进行缺口比对的逐位错配。
要求长度一致，不用于插入缺失比对。
DNA 基序精确查询
定位给定短序列的所有正向精确匹配。
不支持简并字母、不预测生物功能。
同聚核苷酸连续段
查找各碱基最长连续重复长度。
仅序列统计，不评估测序平台特定错误率。
CpG 观测期望比
比较 CpG 次数与独立碱基模型期望。
假设碱基独立的组成校正指标。
短寡核苷酸 Wallace 熔点
计算 2(A+T)+4(G+C) 经验熔点。
8–30 nt，粗略筛查而非实验条件建议。
DNA 最近邻熔点
结合单价盐与链浓度估算双链熔点。
8–200 nt 完全互补；不计算错配、发夹或特异性。
Phred 质量与错误率
把 Phred 分值转换为预测碱基错误概率。
概率解释依测序软件校准。
测序深度与覆盖率
估算名义覆盖深度及理想未覆盖概率。
均匀独立短读长理想覆盖。
组装 N50 与 L50
按组装片段长度计算连续性指标。
连续性不代表组装准确性或完整性。
正向完整 ORF 扫描
定位标准遗传密码下完整起止的正向阅读框。
教学序列结构检查，不判断表达或功能。
密码子使用频数
统计固定正向阅读框中的 64 种密码子。
仅统计，不优化序列或推断表达。
蛋白电荷滴定曲线
计算未修饰蛋白的理论净电荷随 pH 变化。
标准氨基酸线性未修饰链。
蛋白 280 nm 消光系数
按芳香族残基与二硫键状态估算消光系数。
不含辅基吸收与浑浊散射。
蛋白芳香族比例
统计苯丙氨酸、色氨酸、酪氨酸组成。
组成指标不能替代折叠稳定性实验。
蛋白不稳定指数
由二肽组成估算经验不稳定指数。
经验序列指标，非动力学折叠预测。
氨基酸类别组成
按酸性、碱性、芳香和其他残基统计比例。
按残基类型分组，不等于实际净电荷。
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